Начавшаяся в июне 1941 года война кардинально изменила методы и стиль работы хлебопёков Стерлитамака. Стерлитамакский хлебокомбинат, как и все предприятия страны, начал работать в соответствии с Указом Верховного Главнокомандующего «О военном положении в стране». Лозунг «Все для фронта, все для Победы!» стал определяющим и главным.
В 1941 году в составе Стерлитамакского хлебокомбината насчитывалось четыре пекарни в которых работало 242 человека, из которых 43 % женщины. Буквально с первых дней войны были призваны на фронт около 40 работников, а на их место встала неопытная молодёжь, подростки, женщины.
В годы войны население Стерлитамака росло за счёт прибытия переселенцев из западных областей СССР и производственного персонала эвакуированных заводов Москвы, Одессы, Донецка, Баку и других городов. На начало 1942 года в городе насчитывалось 38 тысяч населения. Для бесперебойного обеспечения населения хлебом предприятие работало в круглосуточном режиме. Из-за нехватки муки хлеб вырабатывали главным образом из ржаной муки с большими долями добавок.
С первых дней войны наряду с выпечкой хлеба на предприятии наладили производство армейских сухарей. Вплоть до 1944 года для бойцов Красной Армии отправляли до 15-16 тонн сухарей в месяц.
Коллектив хлебокомбината жил общими заботами граждан страны - готовили и отправляли фронтовикам посылки с тёплыми вещами и предметами первой необходимости, посещали с подарками воинов, находящихся на излечении в госпиталях города, помогали ухаживать за ними.
Родина по достоинству оценила ратные подвиги и самоотверженный труд. Так 52 работника Стерлитамакского хлебокомбината в 1946 году были награждены медалью "За доблестный труд в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг."
Сегодня о подвиге хлебопёков Стерлитамака в годы войны напоминает одна из стел в мемориальном комплексе, установленном в сквере имени маршала Г.К. Жукова.